В марте 2047 года NOD неожиданно запустила ядерную боеголовку и уничтожила главный военный центр GDI, став тем самым единственной суперсилой, поддерживаемой большей частью популяции Земли. Однако, изрядно потрепанная и ослабевшая GDI не оставила надежд на победу и приступила к мобилизации всех оставшихся военных сил. Наступила эра новой, грандиозной, на этот раз последней – Третьей Тибериумной Войны. Победитель будет править миром… Только кто им станет? GDI, NOD или … инопланетная раса Scrin, прибывшая на Землю в качестве истинных хозяев Тибериума, который был призван терраморфировать планету к их прибытию?
